Bom, se o problema é de permissão, você pode executar o utilitário de backup que você usa como root. Mas uma dúvida: Você consegue colar arquivos dentro da partição pelo gerenciador de arquivos? Suponho que essa partição seja em um HD externo, certo? Que eu saiba, esses problemas de permissão acontecem com partições criptografadas.