se o seu programa rodar ok no wine, vai ler as tabelas em paradox sem problema (teoricamente). Se estiver em rede, as máquinas windows da rede também acessarão o servidor com as tabelas paradox sem problema, desde que o compartilhamento esteja corretamente configurado.
um detalhe importante, é que o computador com linux ficar só como servidor (das tabelas), você não vai ter nenhum problema desde que a pasta onde elas estejam salvas esteja compartilhada pelo samba pras estações windows e o seu programa nelas ersteja configurado para buscar o banco de dados numa pasta da rede (onde os seus arquivos estarão salvos). A gravação e acesso dos dados no caso do paradox é feita pelo programa na estação cliente, e não no servidor.
o wine cria uma pasta para "simular" o dirve C, grave os arquivos do seu programa, inclusive as tabelas paradox, do mesmo jeito que eles ficariam no windows, dentro desta pasta que o wine cria simulando o drive C.
o drive C do wine fica em: /home/SEU-USUÁRIO/.wine/drive_c/
vá em Pasta Pessoal, no menu Ver > Mostrar Arquivos Ocultos.
procure a pasta .wine (ela começa com um ponto mesmo, pq é oculta) e entre nela
depois ache a pasta drive_c
se o seu programa tiver um instalador, ele vai começar pelo wine que já vai colocar os arquivos da instalação dentro do drive C dele. caso contrário, salve os arquivos no mesmo lugar onde eles ficariam no windows, considerando o C: como essa pasta que eu mostrei acima.
se der algum erro e o programa não rodar, pode estar faltando alguma dll, se vc tiver um pc com o windows instalado ai e que tenha o seu programa instalado e rodando corretamente, vai em C:\Windows\system32 e copia tudo o que tem lá, e depois coloque esses arquivos na pasta /Windows/system32 do drive C do seu wine, no caminho que eu já mostrei acima. Se tiver algum arquivo repetido e ele pedir para substituir, NÃO substitua, é melhor manter os arquivos padrão do wine, só adicionar os que vc não tem.
qualquer dúvida, estamos aí... ^^