Se não ficou claro, pelo que informou, o programa está funcionando corretamente. Então resta verificar se você está colocando os arquivos nos lugares certos, com as permissões certas. Sem uma resposta clara e direta, não dá pra ajudar, exemplificando:
No lugar de "tentei dar uma permissão no diretorio e não consegui...", informe o comando usado, e a mensagem de erro que apareceu (se apareceu), se nada aconteceu complete com "nada aconteceu". Fez de forma gráfica? Não há problema (apesar de eu preferir os comandos, pois eles são mais claros e diretos), informe o passo a passo seguido.
Continuando, execute:
ls -l /var/www
Cole a saída aqui.