Bem, parabéns.
Mas seu fosse você, ainda tentaria recuperar o boot do windows, utilizando o GAG.
Seria uma grande prova de que os aplicativos do linux servem para recuperar o sistema do windows.
Primeiro faça o backup de tudo, inclusive do grub do Ubuntu.
Depois tente usar o GAG, pode por sorte recuperar tudo, de repente os dados e aplicativos do windows nem sofreram uma perda grave.
E no futuro, quando ocorrer a perda de boot novamente do windows, você já vai saber quais ferramentas utilizar.
E de qualquer forma diante da situação atual, você vai ter que formatar a partição do windows, reinstalar e vai perder o grub do Ubuntu de um jeito ou de outro.