Ola
Não vejo nada de estranho nisto.
As pastas Recycle Bin e System Volume information são do windows, criadas por ele e podem ser vistas se ativar a visualização de arquivos ocultos no Windows.
Como não são nativas do GNU/Linux, são vistas sem serem "ocultas" no sistema do pinguim.
Já a pasta Trash-1000 é criada com o sistema de permissões do GNU/Linux, mas como o windows não utiliza este sistema (tem implementado, mas não o utiliza), ela é vista como uma pasta "comum" no windows pois não faz parte do sistema do janelas.
Quanto à pasta Trash ser de dificil remoção, é porque ela só pode ser removida no GNU/Linux pelo superusuario root por uma questão de segurança.
Se colocar este pendrive num Mac, serão criadas duas pastas => .Trashes e .DS_Store com os mesmos propósitos.
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