é dificil ajudar sem ver o código da sua pagina, código esse que claro, não informe aqui.
Teste o seguinte, como o wine roda muito bem bem no Linux, baixe a versão windows do opera ou mozilla e instale no linux, deixe o wine emular o browser.
Já vi o opera rodando bem e rapido pelo wine, claro que tem a vesão para linux, mas me lembro de um usuario leigo no linux que trabalhou cpd e baixou e instalou a versão para o windows do opera.
O wine estava instalado e claro, fez a instalação. Ele usou o opera por meses sem reclamar, só percebi quando ele saiu da empresa e fui mexer em seu micro de trabalho.
Isso não é uma solução, é uma opção, quem tem realmente conhecimento dos códigos do site pode ajudar mais.
E vc disse:
"segundo o que me disse o gerente da empressa este softeware roda em flex"
Uma das verdades universais é "O máximo que um gerente pode dizer são meias verdades, não por maldade, mas por que o coitado não sabe".