Você pode usar o grsync (uma interface gráfica para o programa rsync).
Ele é muito bom e funciona inclusive para sincronizar diferentes máquinas através de ssh.
O único "defeito" dele é que você é que tem que dizer qual é o mais atual -> arquivos no HD1 ou no HD, no seu caso.
Se precisar fazer essa sincronização constantemente e que o programa detecte qual arquivo é mais atual (o caso de trabalhar em duas máquinas diferentes) a escolha ideal é o Unison.
No meu caso uso o unison para manter os arquivos em casa e na faculdade sincronizados.
Logo, se precisa de sincronização em apenas um sentido usa o grsync (acho mais fácil e também tem o fato de o unison não ser mais mantido - mas ele funciona bem). Se precisa nos dois sentidos usa o unison.