A Versão 3.6.0.2 (ID da versão: 360m1(Build:102)) do LibreOffice exporta corretamente um arquivo PDF com o ODF embutido, que pode ser corretamente aberto por outros, entretanto não abre o próprio arquivo que criou.
Para isolar o problema desinstalei o aplicativo com o apt e instalei a partir do site LibreOffice, na Versão 3.6.3.2 (ID da versão: 58f22d5), que operou a função sem problemas.
Acredito que a versão da próxima versão LTS deverá ter isso corrigido, é uma função muito interessante. Pessoalmente estou acertando um template para trabalhos acadêmicos e isso muito importa para reserva de arquivo para a posteridade, de acordo com ISO/NBR 26300.