Como o Tota falou cotoba, não duplique tópicos!
Olha eu tinha uma configuração de HDs exatamente parecida com a sua, só que o Windows ficava no HD menor. Toda vez que ia instalar o Windows ou o Linux eu desligava o HD em que o outro ia ficar. Para não dar pau no Grub o Ubuntu tem que estar no HD principal. Então se você desligar um deles, tanto faz se ele for o HD master ou o slave, ele vai "pensar" que é o único HD.
Assim se o Grub foi instalado no HD do Windows você pode removê-lo depois, sem precisar reinstalar o Windows. É só usar um CD de instalação do Windows XP e optar por Restaurar uma instalação do Windows, quando estiver no modo texto é só digitar "fixmbr". É só pesquisar no tio Google que você acha como restaurar a MBR do Windows.
No meu caso eu usava a BIOS para alterar a ordem de Boot dos HDs, com isso uma instalação não atrapalha em nada a outra, só fica ruim por ter de alternar entre os HDs pela BIOS.