Não. Aliás bastante gente que usa Linux faz isso. Lhe permite, por exemplo, instalar uma nova distro, para fins de teste, e manter seus arquivos pessoais e de configuração dos programas.
Por exemplo, o Firefox mantém seus arquivos de configuração em uma pasta oculta no Home. Se você reinstalar o Ubuntu ou mesmo instalar outra distro, quando entrar no Firefox, ele vai estar configurado exatamente da mesma maneira (favoritos, barra de ferramentas, temas, plugins). O mesmo se aplica a todos os outros programas. Até mesmo o ambiente gráfico GNOME e sua área de trabalho vão estar configurados do jeito que você deixou no sistema anterior.
Todavia, é importante lembrar que os programas em si deverão todos ser instalados novamente. O que estará salvo são as suas configurações. Quando você instalá-lo novamente e entrar, eles estarão do jeito que foram configurados.
Tópico: Criação da partição /HOME do Maverick Meerkat (Lida 2884 vezes)