Talvez a causa disso possa ser que você tenha alterado o Tema ou mais exatamente os icones dele.
Se já não o fez, instale o tweak para o gnome:
sudo apt install gnome-tweak-tool
Chame o programa digitando tweaks na caixa de pesquisa.
Na entrada Appearance (Aparência) / Icons observe se mantendo o tema em Ambiance e setar Icons para Ubuntu-mono-dark ou Loginicons, se isso produz voltar ao original.
E já que estamos falando disso, se quiser experimentar uma possível prévia de ícones para a futura LTS Ubuntu 18.04:
cd ~/Downloads
wget https://github.com/snwh/suru-icon-theme/archive/master.zip
crie a pasta oculta:
mkdir ~/.icons
(note que há um ponto antes de .icons, que é o que torna a pasta oculta; se for fazer usando apenas a interface gráfica lembre-se que as teclas Ctrl H mostram as pastas ocultas)
Descompacte o pacote zip baixado:
unzip master.zip
copie o diretório Suru para dentro do diretório antes criado.icons
cp -R ~/Downloads/suru-icon-theme-master/Suru/ ~/.icons
Agora chame o gnome-tweak-tools antes instalado através do ícone próprio, bastando digitar tweaks na lente de pesquisa para aparecer o ícone e então clicando nele abrir o programa.
Agora novamente em Appearance/Icons escolha Suru
Os ícones devem ter se alterado, incluindo os que representam os arquivos/pastas dentro do nautilus, que é o gerenciador de arquivos.
Produz algo assim: