Olá jviniciusv,
É muito pouco provável que os dois erros estejam relacionados. Aliás, pensando bem, posso quase afirmar que não estão, trata-se apenas uma coincidência.
O que provavelmente está ocorrendo é que sua interface gráfica está caindo por algum problema (p.ex. driver gráfico não funciona com os efeitos 3D ativados), e quando ele cai, você vê rapidamente a última mensagem que sua máquina te dá no console de modo texto --- que por acaso é o Apache reclamando da configuração.
Sugiro que você confirme que está com o sistema atualizado ("sudo apt-get update && sudo apt-get dist-upgrade"), tente também desabilitar efeitos 3D.
Há outros tópicos nesta sala de gente com o mesmo problema que você (da tela gráfica fechando do nada), veja se algum deles dá uma dica que resolva.
Ah!!!
Se você puder incluir mais informações, p.ex., a versão do Ubuntu que usa, qual a sua placa gráfica, e quanto tem de memória, também ajuda bastante.