Ajudei um amigo, mas no caso dele era no MacOS, para ver que o problema não é só com linux.
Fiz uma maquina virtual com o 7, instalei os drivers e certificados, tanto da leitora de cartão, quanto o novo token que ele ia começar usar.
No linux a maquina virtual e usb tem um segredo, tem que adicionar o usuário no "vboxusers".
Instala o virtuabox, vai em "Usuarios e grupos" depois "gerenciar grupos", localiza o "vboxusers", seleciona, clica em propriedades e adiciona seu usuário atual nele.
Depois disso reinicia que a maquina virtual já está apta a reconhecer o usb, fora que tem que instalar no windows os adicionais para convidado também.
Já no Mac o buraco foi mais embaixo.
Não tem essa parte de vboxusers, e o mac segurava o token para ele, o que fiz.
Na configuração da maquina virtual, selecionei o token direto nela para que seja exclusivo do 7, mas mesmo assim o mac segurava o token.
Então descobri que tinha que iniciar o windows primeiro na virtual e depois plugar o token e pimba, funcionando.
Chorar não adianta, tem que dar jeitinho de brasileiro
Abraço.