Comigo acontece a mesma coisa, o estranho é seu apago a pasta workspace(onde salvo os projetos), o eclipse inicia normalmente,se não ele da esse erro.
Isso aconteceu comigo depois que instalei o plugin CDT para programar C++.
pra mim aparece a mensagem que voce colocou e uma outra mensagem dizendo:
"Error notifying a preference change listener. Check the log for details."