Me desculpem pelo erro de digitação, mas o comando que usei foi "unity --reset", o qual não funcionou. O unity é restaurado, mas as cores permanecem as mesmas, inclusive como root. Além disso, no terminal aparecem alguns erros e o processo de restauração não termina, fica travado, de modo que se fecho o terminal a interface quebra:

WARNING: no current gconf profile set, assuming unity
WARNING: Unity currently default profile, so switching to metacity while resetting the values
Checking if settings need to be migrated ...no
Checking if internal files need to be migrated ...no
Backend     : gconf
Integration : true
Profile     : unity
Adding plugins
Skipping upgrade com.canonical.unity.unity.01.upgrade
Skipping upgrade com.canonical.unity.unity.02.upgrade
Initializing core options...done
Initializing bailer options...done
Initializing detection options...done
Initializing composite options...done
Initializing opengl options...done
Initializing decor options...done
Initializing mousepoll options...done
Initializing vpswitch options...done
Initializing animation options...done
Initializing snap options...done
compiz (expo) - Warn: failed to bind image to texture
Initializing expo options...done
Initializing move options...done
Initializing place options...done
Initializing grid options...done
Initializing gnomecompat options...done
Initializing wall options...done
Initializing ezoom options...done
Initializing workarounds options...done
Initializing resize options...done
Initializing fade options...done
Initializing unitymtgrabhandles options...done
Initializing scale options...done
Initializing session options...done
WARN  2011-11-02 21:20:51 glib.glib-gobject <unknown>:0 invalid (NULL) pointer instance

Screen geometry changed:
   0x0x1600x900

unity-panel-service: nenhum processo localizado
Initializing unityshell options...done
compiz (core) - Warn: no exact match for ConfigureNotify on 0x3c00090!
compiz (core) - Warn: expected the following changes:
compiz (core) - Warn: sibling: 0x43ee95
compiz (core) - Warn: instead got:
compiz (core) - Warn: x: 0
compiz (core) - Warn: y: 0
compiz (core) - Warn: width: 1600
compiz (core) - Warn: height: 900
compiz (core) - Warn: above: 0
compiz (core) - Warn: this should never happen. you should probably file a bug about this.
WARN  2011-11-02 21:20:52 unity.favorites FavoriteStoreGSettings.cpp:138 Unable to load GDesktopAppInfo for 'ubiquity-gtkui.desktop'
DEBUG 2011-11-02 21:20:52 glib <unknown>:0 Setting to primary screen rect: x=0 y=0 w=1600 h=900
Initializing annotate options...done
Initializing blur options...done
Initializing clone options...done
Initializing colorfilter options...done
Initializing commands options...done
Initializing cube options...done
Initializing debugspew options...done
Initializing imgjpeg options...done
Initializing kdecompat options...done
Initializing mag options...done
Initializing neg options...done
Initializing obs options...done
Initializing opacify options...done
Initializing put options...done
Initializing resizeinfo options...done
Initializing ring options...done
Initializing rotate options...done
Initializing scaleaddon options...done
Initializing screenshot options...done
Initializing shift options...done
Initializing staticswitcher options...done
Initializing switcher options...done
Initializing thumbnail options...done
Initializing water options...done
Initializing winrules options...done
Initializing wobbly options...done
Initializing zoom options...done
Setting Update "run_command_terminal_key"
Setting Update "fullscreen_visual_bell"
Setting Update "autoraise"
Setting Update "autoraise_delay"
Setting Update "maximize_window_key"
Setting Update "minimize_window_key"
Setting Update "show_desktop_key"
Setting Update "toggle_window_maximized_key"
Setting Update "toggle_window_shaded_key"
Setting Update "fullscreen_visual_bell"
Setting Update "main_menu_key"
Setting Update "run_command_terminal_key"
Setting Update "run_key"
WARN  2011-11-02 21:21:51 unity.glib.dbusproxy GLibDBusProxy.cpp:255 Cannot call method InfoRequest proxy /com/canonical/unity/lens/music does not exist
WARN  2011-11-02 21:21:51 unity.glib.dbusproxy GLibDBusProxy.cpp:255 Cannot call method SetActive proxy /com/canonical/unity/lens/music does not exist
WARN  2011-11-02 21:21:51 unity.glib.dbusproxy GLibDBusProxy.cpp:255 Cannot call method InfoRequest proxy /com/canonical/unity/lens/files does not exist
WARN  2011-11-02 21:21:51 unity.glib.dbusproxy GLibDBusProxy.cpp:255 Cannot call method SetActive proxy /com/canonical/unity/lens/files does not exist
WARN  2011-11-02 21:21:51 unity.glib.dbusproxy GLibDBusProxy.cpp:255 Cannot call method InfoRequest proxy /com/canonical/unity/lens/commands does not exist
WARN  2011-11-02 21:21:51 unity.glib.dbusproxy GLibDBusProxy.cpp:255 Cannot call method SetActive proxy /com/canonical/unity/lens/commands does not exist
WARN  2011-11-02 21:21:51 unity.glib.dbusproxy GLibDBusProxy.cpp:255 Cannot call method InfoRequest proxy /com/canonical/unity/lens/applications does not exist
WARN  2011-11-02 21:21:51 unity.glib.dbusproxy GLibDBusProxy.cpp:255 Cannot call method SetActive proxy /com/canonical/unity/lens/applications does not exist
WARN  2011-11-02 21:21:52 unity.iconloader IconLoader.cpp:509 Unable to load contents of file:///usr/share/icons/unity-icon-theme/places/svg/category-available.svg: Erro ao abrir arquivo: Arquivo ou diretório não encontrado
WARN  2011-11-02 21:21:52 unity.iconloader IconLoader.cpp:509 Unable to load contents of file:///usr/share/icons/unity-icon-theme/places/svg/category-installed.svg: Erro ao abrir arquivo: Arquivo ou diretório não encontrado
WARN  2011-11-02 21:23:48 glib.glib-gobject <unknown>:0 instance with invalid (NULL) class pointer
[5158:5158:2769242673:ERROR:browser_main_gtk.cc(121)] Startup refusing to run as root.
WARN  2011-11-02 21:24:07 glib <unknown>:0 Unable to fetch children: Method "Children" with signature "" on interface "org.ayatana.bamf.view" doesn't exist

Caro Dionnatan, obrigado pela dica, mas não funcionou. As cores das janelas e da seleção de itens permanecem as mesmas não só quando troco os temas, mas também quando troco o ambiente gráfico (unity, unity 2d e gnome 3).

Boa dica Vinicius, mas infelizmente não funcionou. Apaguei a pasta .themes, mas a configuração de cores permaneceu a mesma. Também apaguei todos os temas antigos que estavam na pasta /usr/share/themes, mas ainda não adiantou. Dentro da /usr/share/themes há uma pasta chamada Default com duas subpastas, uma gtk2 e outra gtk3, as quais contém arquivos de configuração. Imaginei que o problema pudesse estar nessas configurações, mas abrindo os arquivos com o editor observei que os mesmos estavam vazios, contendo apenas a informação "Default keybinding set. Empty because it is implemented inline in the code."

Alguém mais tem uma ideia de onde se encondem as configurações de cores no gnome 3?

Obrigado pela dica, mas o gnome color chooser não funciona para o gnome 3, nem mesmo como root.
Será que pelo editor de configurações seria possível mudar as cores? Como?

Com a atualização para o ubuntu 10.10 o compiz e outras aplicações 3D (google earth, 3D Arena) continuaram funcionando perfeitamente em todas as suas potencialidades. Porém, ontem, depois de algumas atualizações, deixaram de funcionar. Nem mesmo as proteções de tela 3D funcionam mais. Os efeitos visuais do compiz foram desabilitados e não consigo habilitá-los em sistema>preferências>aparência, uma mensagem de erro aparece informando que “Efeitos visuais não puderam ser habilidados”.
Já tentei reinstalar o compiz, os drives de vídeo da intel e o pacote jockey, mas nada resolveu.
Tenho uma suspeita de que pode ser o pacote “jockey-gtk”, pois, se não me engano, ele foi atualizado ontem, um pouco antes do problema começar.
Meu processador é um Intel i3 com GPU integrada.
Alguma ideia?