acredito que atualizar entre versões lts ate é seguro, mas é interessante esperar alguns meses, de preferencia a 14.04.1.
sobre os programas, se foram instalados a partir dos repositórios oficiais, serão atualizados, mas se forem instalados de fontes não oficiais não, normalmente a quebra do sistema acontece devido aos pacotes de terceiros, portanto evite usar.
no caso do office 2007, os arquivos e configurações ficam na sua home, apenas o wine é atualizado, mas caso não use algum recurso exclusivo do office, de preferencia preferencia ao libreoffice.
entre as versões 10.04 e 12.04 foram adicionados muitas novidades, unity e GTK 3 são exemplos, mas entre as versões 12.04 e 14.04 as novidades são menores, então acredito que a transição sera menos problemática.