amigo, tô na mesma situação que vc, já deu uma olha no site do samba.org?, vai na parte By example, e procure o link de migração.... se tiver algum êxito na migração entre em contato comigo, ok? pelo que lí, há duas formas de se migrar usando o tdbsam backend e o ldap backend
ps. criei um post novo sobre o assunto...