Olá Fabio ,
Achei esta dica aqui para desativar o nautilus :
Primeiro passo é remover o controle do nautilus sobre o deksktop (região sob o papel de parede). O primeiro passo é ir no Gerenciador de Sessões do Gnome: Sistema => Preferências => Sessões, ir na aba Sessão Atual, clicar sobre o nautilus na lista, e alternar o campo Estilos para Normal e depois clicar em [ = Remover ], depois vá a aba Opções de Sessão, e clique sobre o grande botão: [ Lembrar Aplicações Atualmente em Execução ]. Feito, no próximo boot o nautilus não será carregado.
Depois de desativado se resolver o problema , sugiro que instale o thunar ate ter o problema do nautilus resolvido por definitivo.
Ate mais