Aloha,
O 'Adicionar/Remover' que você se refere lista apenas aplicações sugeridas pelo time de desenvolvimento do Ubuntu. Não é a central de instalação/remoção de programas em geral.
Essa ferramenta chama-se Synaptic, e se encontra no menu SISTEMA / ADMINISTRAÇÃO / GERENCIADOR DE PACOTES SYNAPTIC.
Lá serão listados todos os pacotes .deb independente da origem. Localize pela busca os pacotes que deseja remover, clique com o botão direito neles quando localizados e marque para remoção.
Depois de marcados p/ remoção, clique no botão APLICAR para que as remoções se iniciem.