Olá bobk,
Sobre o iptables, provavelmente vc está redirecionando a porta 3128 para o tráfego que não vem da internet. Hoje isso é qq tráfego que não venha da porta ppp0, quando vc ativar o roteamento do modem vc vai ter que rever seu script pra que não redirecione o tráfego que vem da eth0. Você tem uma segunda interface nesse servidor, certo?