O Cinnamon possui um visual um pouco mais moderno e com mais recursos (porém é mais pesado).
Já o MATE possui uma visual um pouco mais clean e leve.
Isso, obviamente, na instalação padrão, pois você pode deixar o Cinnamon bem leve (escolhendo um tema mais leve e desativando efeitos), assim como deixar o MATE com mais efeitos e mais pesado (ativando o Compiz, utilizando um tema pesado, instalando o Cairo-dock, etc.).
Quanto ao layout, são relativamente parecidos, como disse o nosso companheiro Eliseu.
Abraço.