Bom...
Eu uso apenas um programa Windows do Linux, que é o AutoCAD na versão 2000(AutoCAD2000), desde 2008 e nunca tive qualquer problema, mas no Ubuntu 12.10 surgiu um problema... O AutoCAD não acha os DLL que necessita. Não sei o que houve e nunca havia me deparado com qualquer problema usando o Wine.
A versão do Wine que estou usando acredito ser é a mais recente (1.4.1.), no momento resolvi da seguinte maneira, peguei todos os dll's que estavam no system 32 e copiei para a pasta acad2000 e pronto, me parece que está ok, tenho usado nos últimos dias sem problemas mas achei estranho esse comportamento.
Instalei também as outras versões mais antigas e o problema persiste, de qualquer maneira consegui fazer rodar o AutoCAD e se alguém tiver com um problema parecido pode tentar essa "solução", se alguém souber como resolver agradeço.