Sobre gerar instabilidades e riscos, é verdade sim, mas não ocorre sempre.
Eu não conheço esse site que você citou, mas pelo que vi parece ser um site voltado para a customização do sistema do ubuntu. Em outras palavras, para quem gostar de instalar coisas alternativas ou versões sempre mais recentes dos programas.
Você tem duas alternativas ao usar o Ubuntu: ficar com os repositórios oficiais ou se arriscar com os PPAs. Na maioria das vezes os PPAs tem um propósito mais específico e menos arriscado, envolvendo menos pacotes e mexendo menos no sistema em si. Por exemplo, ao instalar um PPA que simplesmente fornece uma versão mais recente de um aplicativo, sem mexer (muito) nas dependências de outros programas. Por outro lado, existem PPAs que fornecem pacotes que alteram profundamente o ubuntu, substituindo o kernel ou outras partes importantes.
Sempre existe a possibilidade de eliminar um PPA (através do comando ppa-purge), mas você deve dominar e entender esse recurso para saber como agir na hora do problema. Além disso, é importante verificar, no próprio site e no momento em que você instala o programa pelo PPA, quais as alterações que ele vai fazer no sistema. Se ele simplesmente instalar NOVOS pacotes, não tem muito risco. Agora, se ele substituir pacotes já instalados no sistema, aí há a possibilidade maior de problemas.
Além disso, vale a pena e ficar atento para as fontes dos PPAs. Prefira PPAs citados em portais mais confiáveis, não um site qualquer na rede. Fique atento aos comentários dos blogs onde você visita para ver se alguém mais teve problemas. E sempre pense: eu preciso mesmo desse PPA?
Talvez alguém aqui do fórum saiba dizer se esse site em si é confiável, mas a regra é a mesma para qualquer sistema operacional: instalar programas de fontes externas e não suportadas pode levar a problemas ou trazer vírus.