Já faz um tempo que enfrento esse problemas fdp. joguei Costume Quest e terminei, após um tempo resolvi jogar Psychonauts, o jogo rodava bem mas de vez em quando apresentava um lag que o deixava ijogável, se eu esperasse um tempo o jogo normalizava. Eu fiquei de saco cheio disso e resolvi jogar a expansão de Costume Quest, que para minha surpresa estava apresentando o mesmo problema de Psychonauts, fui testando outros jogos e o problema permaneceu, aconteceu em Counter Stryke, Left for Dead 2, Brutal legend e até mesmo em Super Meat Boy. Atualizei os drivers de vídeo, e não adiantou, pensei que pudesse ser falta de ram, joguei Brutal Legend e quando o problemas começou verifiquei o consumo de Ram e tinha 1,3 GB disponíveis. Como gostei muito de Brutal Legend estou jogando mesmo com o problema, eu jogo e quando o lag começa eu pauso aperto alt+tab e fico lendo alguma coisa até o sistema normalizar, eu sei que o problema de lag passou quando os efeitos do Unity estão rodando suave, dai eu volto para o jogo e ele está normal, ou seja o problema não se limita ao jogo e sim algo no sistema. Como eu jogava Costume Quest e Counter Stryke sem problemas acho que tudo começou após algum update, não sei falar qual porque fiquei uns 2 meses sem jogar nada, isso é muito irritante mas não acontece em todos jogos, talvez nos que usem open GL ou maior aceleração de Hardware, jogos que não ocorrem o problema são JamesTown, Uplink, Cave Story+...
Minha maquina tem uma configuração fraca, mas atende todas as especificações dos jogos citados, além disso todos rodam de maneira bem jogável enquanto não acontece o lag do capeta citado.
Ubuntu 13.10 64bit
Placa-mãe: MSI G31M3-L V2(MS-7529)
CPU: Intel(R) Core(TM)2 Quad CPU Q8400 @ 2.66GHz
RAM: 4GB (2+2 dual channel) ddr2 800
VGA: GeForce 9500 GT
uname -a
Linux 3.11.0-13-generic #20-Ubuntu SMP Wed Oct 23 07:38:26 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux