Acredito que "__init__.py" tem que aparecer em todos os subdiretórios, sem ele no pasta2... e nas outras, a busca deve ser encerrada pelo python. Mas deve funcionar se você linkar moduloPai dentro de pasta1.
Outra coisa é que o sys.path deve funcionar, ou a variável PYTHONPATH, mas o caminho tem que estar correto, então ou usa caminho absoluto ou algo como:
filedir = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
moddir = os.path.join(filedir, '../pasta2/modules/python/moduloPai')
Com isso no script.py você vai conseguir o caminho correto até ele, independente do diretório atual, então usa o relativo dele até o diretório dos módulos.