Presumo que voce esteja falando do WUBI (Windows Ubuntu Installer).
Se for isso, o WUBI nao tem mais suporte, nao mais eh possivel instalar o Ubuntu por esse modo, que se encontra obsoleto.
Atualmente para fazer uma instalacao eh necessario criar uma particao propria para o Ubuntu e essa eh a forma "oficial" de instalacao.
Uma outra forma que eventualmente poderia parcialmente contornar essa questao, ainda que inoficiosa e, portanto, sem suporte, eh instalar uma maquina virtual (VM, virtual machine) do tipo VirtualBox no Windows e, usando essa VM instalar dentro dela o Ubuntu. Funciona e eh relativa simples de ser feito e nesse caso igualmente nao vai requerer um novo particionamento da unidade de disco.
Nas palavras de um desenvolvedor (Dima) que faz parte do nucleo de desenvolvimento do Ubuntu (Ubuntu Core Developer), o wubi.exe ainda eh embarcado no CD tendo em vista ser uma especia de "cd autolauncher", naquelas situacoes em que o live.iso (CD do Ubuntu) eh simplesmente colocado numa instalacao Windows, permitindo entao uma mensagem do tipo "Eh necessario fazer o reboot para experimentar o Ubuntu [reboot now) (1).
Os argumentos para retirar o suporte a esse tipo de instalacao (Wubi) sao varios, um dos quais eh que a instalacao nao apresenta o potencial real do sistema, com um desempenho extremamente inferior ao que eh o Ubuntu de verdade, pois que estara condicionado as limitacoes do proprio Windows, portanto, coisas simples como o acesso direto ao disco rigido ficam extremamente prejudicadas no Wubi, distorcendo o que eh realmente um Linux Ubuntu.
Alem disso, existem varios outros problemas relacionados a perda de dados, de arquivos e ao processo de logar na maquina interna, agravados pelo advento do firmware UEFI e Windows 8 e suas restricoes (2) dai que, se eh para fazer dessa forma, entao faca atraves de uma maquina virtual, mas idealmente se quiser mesmo experimentar o Ubuntu, faca-o pelo live-pendrive (sem instalar nada no seu disco rigido), que eh a situacao ideal de experimentacao ou, querendo, instale numa particao propria, o que tambem eh muito simples de ser feito.
(1) Wubi discussion (AGAIN) - Supported Here on Ask Ubuntu? (13.04 and later)
http://meta.askubuntu.com/questions/7497/wubi-discussion-again-supported-here-on-ask-ubuntu-13-04-and-later/7509#7509(2) OMG Ubuntu
Ubuntu Website Warns Windows 8 Users: Don’t Use WUBI
http://www.omgubuntu.co.uk/2013/04/wubi-advice