Pergunto: para quê?
Se der um fundamento consistente para isto, já que não é necessário nada mais do que já citou.
Se quer ser paranóico (não você, genérico) pode apagar o conteúdo da pasta log, da pasta tmp, remover kernels antigos antes do sistema julgar necessário e usar um escovador de bits como o pacote deborphan (este se usado sem conhecimento vai limpar tanto que quebra seu sistema)
Mas vamos lá, usando o modo paranóico, pode-se limpar uns 300 megas na operação. Ou seja, menos do que aquela pasta de música que não é ouvida a mais de dois anos e que a pessoa não apaga porque "um dia ainda vai precisar dela"
A melhor limpeza que se faz, não é no sistema, mas nós nossos próprios arquivos.
Outra:
Até o Win XP, limpar o sistema o tornava mais rápido. Hoje em dia, ssd e mais memória fazem isto.