De forma nativa o dd faz uma cópia binária, bit a bit, entretanto, aja com cautela, estude bem o seu funcionamento pois um direcionamento errado do destino pode destruir completamente o conteúdo do disco destino sobrescrevendo o que lá houver, mas de resto o seu uso é bastante fácil e a eficácia é enorme. O dd é um clássico do Linux. Uma outra opção é usar o clonezilla.
Note que não estou dizendo que isso irá resolver a questão, mesmo porque você não explicitou muito bem o que está ocorrendo aí. Não dá para entender o real problema somente a partir da descrição que você fez.
Em condições normais nada disso deveria ser necessário, não deveria ser necessário clonar uma partição, pois se trata apenas de copiar arquivos de um hd externo para um outro lugar, então a função de cópia normal do Linux deveria ser suficiente, portanto, se o caso, esclareça melhor a questão para que se possa prestar alguma ajuda mais específica.