Bom, a primeira pergunta seria:
como funciona o vírus e o que ele faz?
Há várias categorias de programas mal intencionados, cada um visa afetar o usuário de alguma forma para obter alguma vantagem para o cracker, seja roubar informações, seja monitorar atividades, etc., etc., e etc..
Já houveram um porrilhão de discussões sobre vírus do Windows no Wine, tanto por aqui como na internet afora.
Acho que seria muito difícil que um vírus venha a comprometer um sistema Linux dessa forma, agora saber se ele está tendo êxito para fazer o que foi programado para fazer, isso já é outra história. Sendo inofensivo ou não, eu removeria ele o mais rápido possível,
não sei o que você ainda está esperando.
Além disso, pela informação que você passou, também há uma infecção no cache do Firefox que está no Ubuntu,
e não no Wine, e isso pode se tratar tanto do mesmo malware (acho improvável) como outro ou apenas uma extensão mal intencionada ou até mesmo um falso positivo.
Novamente, reforço: eu removeria isso o mais rápido possível. E depois descobriria de onde veio,
saber por onde anda sempre é bom.
Boa tarde e todos do fórum tenham uma ótima semana!