Então, /ManoelFilho/,
Vejo que você já está há muito tempo no Ubuntu, creio que desde a versão 8, e sabe que esses desajustes são típicos de lançamento de versão, ainda mais em versões transitórias. Possivelmente daqui há pouco sai alguma atualização que conserta o problema.
Fiz a instalação numa partição de testes a partir do iso fechado da versão 16.10, tinha a Daily Build instalada, mas descartei e reinstalei, como dito, a partir do novo arquivo .iso do final release, mas na máquina que instalei não há gpu nvidia.
Isso posto, você pergunta "
Alguém tem alguma ideia do que está acontecendo?", pois então, quando muito tenho um palpite, pois como não tenho uma gpu e computador iguais aos seus, não há como reproduzir o cenário.
Não parece ser um problema diretamente relacionado ao servidor X, porque você relata que com tais e quais manobras consegue fazer o ambiente gráfico funcionar.
As mensagem relatadas no tópico inicial sugerem que o gerenciador de logon do Gnome, que é o gdm, está desligando a nvidia, quando deveria mantê-la ligada até o boot se completar.
Uma primeira hipótese, para ver o que acontece, e já que você está conseguindo chegar ao desktop, é alterar a configuração para que o boot ocorra sem a parada na tela de logon, isto é, para que ocorra o autologin. Faça a experiência para ver o que resulta disso.
--> Configurações do sistema/Contas de usuários/Opções de início de sessão/Início automático de sessão
Normalmente a instalação do driver da gpu configura para que seja mantido o modo persistente da gpu, esse é o padrão que se observa, não sei dizer por qual razão parece que isso não está mantido aí nessa instalação.
De toda forma, como uma segunda hipótese, uma segunda experiência, também pode experimentar religar o modo persistente da nvidia.
Creio que a sintaxe seja essa:
sudo nvidia-persistenced --user foo --persistence-mode
onde está o "foo" na linha acima substitui pelo seu concreto nome de usuário (username) no sistema.
observe que se trata de -- duplo hífen antes das opções.
Com disse, por enquanto é apenas um palpite.