Procure lá em Configurações do sistema/Teclado (keyboard), na aba Atalhos de teclado (Shortcuts), na entrada Navegacao (navigation) a entrada:
Ocultar todas as janelas normais --> Ctrl+Super+D)
(Hide all normal windows --> Ctrl+Super+D)
Como mesmo está dito na parte inferior:
Para editar um atalho, clique na linha e mantenha pressionada as novas teclas ou pressione a tecla backspace para limpar.
No caso, ao se clicar sobre a linha respectiva, onde seriam as designações de teclas de atalho aparece a expressão "Novo acelerador...", então basta acionar as novas teclas que se deseja, no caso Super+D
Reinicie a sessão.
E Super+D pode ser usada sem problemas porque essa combinação não está sendo usada por nenhum outro atalho no sistema.
Verifiquei com a versão 14.04.5 ativa, não chequei na 16.04.1, mas suponho que nessa particular sejam iguais, questão de ver.