Tive um problema parecido quando instalei o Ubuntu 5.10 em um antigo notebook Compaq Armada, o cooler não ligava de jeito nenhum, e o notebook desligava por super-aquecimento.
Lutei tentando ativar e desativar módulos de APM e ACPI e não deu em nada, sempre o notebook acabava se desligando pela alta-temperatura.
Incrivelmente, instalei o Mandrake 10 e ele não teve mais esse problema, está rodando até hoje.
Não sei se em notebooks mais novos ainda existe o problema do cooler não ativar, mas posso garantir não é lenda, já aconteceu comigo uma vez.