Por default o Thunar só exibe o seu home, lixeira, o /, e midias REMOVIVEIS... ta ai o problema, na verdade ja até pensei em fazer ele exibir de tudo, até rede la, mas não consegui achar informação sobre isso (se alguem souber pelo menos o nome do daemon que controla essas coisas avisa que eu pesquiso, embora uma resposta prontinha e bonita iria bem)...
voce pode usar o thunar no modulo "ctrl+b" (abra ele e aperte "ctrl+b", se quizer voltar ao jeito em arvore é só usar o "ctrl+t") e adicionar os links que quizer la (para as pastas do media...)
outra coisa que voce pode fazer (solução que estou usando) é através do comando "ln -s /media/ midias" ou algo do tipo, eu criei no ~/ um atalho do jeito que falei, fica susa de entrar na pasta...