Hummm... Não sei se existe um jeito mais prático para fazer isso, mas eu crio um initrd dessa forma:
1) É necessário baixar o initrd-tools:
sudo apt-get install initrd-tools
2) Depois, dentro do diretório /boot, é só fazer:
sudo mkinitrd -o initrd.img-versão_do_kernel versão_do_kernel
Será criado um initrd dentro desse diretório.
Uma dica: se você for compilar um kernel para ser usado no próprio Ubuntu, use a ferramenta kernel-package. Ela cria um pacote com o kernel que você compilar. Você pode baixá-la pelo Apt mesmo. Quando terminar de configurar o kernel, em vez de fazer sudo make para compilar, faça:
sudo make-kpkg -initrd kernel_image kernel_headers modules_image
O kernel será compilado, e depois serão gerados no diretório /usr/src dois pacotes, um com a imagem do kernel e outro com os headers. Então para instalar o novo kernel, é só fazer:
sudo dpkg -i kernel-image-versão_do_kernel.deb
O novo kernel e os módulos serão instalados, e o initrd será criado automaticamente.