Eu utilizo, mas normalmente faço manualmente no terminal:
export http_proxy=http://usuario:sernha@host:porta
export ftp_proxy=http://usuario:sernha@host:porta
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
De qualquer forma em vez de alterar o apt.conf adiciona essa linha de configuração num arquivo e coloca ele em:
/etc/apt/apt.conf.d