Mudei o repositório para instalar o aptana, mas antes eu havia descoberto o repositório para instalar o java (instalei o 6). Porém, continuei recebendo a mensagem de dependência ao java (no caso, sun-java5-jre) e não foi possível instalar o aptana.
Uma coisa interessante é que ao tentar acessar uma página que possui applet java pelo firefox, o mesmo também não identificou que eu possuo o java6 instalado. Falta eu apontar alguma coisa em algum lugar?