Claro Lamego, falha minha....
Eu substituí em dirname(JUDE_HOME=`dirname $0`) o caminho onde instalei o JUDE, no caso: /home/eu/Jude_community/, e quando mando rodar no terminal, o programa parece entrar em loop infinito, pois o ponteiro do KDE desaparece, não posso iniciar nenhum programa e o led de atividade do HD fica piscando sem parar, sendo obrigado a resetar a máquina, pois nem o ProcessTable eu consigo chamar para matar o processo do Jude.
Valeu