Eu particularmente não sei qual a diferença significativa entre executar um comando com o sudo ou virar root e depois executar o comando. Li que ao executar um comando com o sudo o seu usuário é que executa o comando mas com poderes de root. No entanto acho que o potencial de estrago está mais relacionado aos poderes do usuário que vai fazer o estrago (o que executou o comando) então acho que root e sudo tem praticamente o mesmo potencial de destruição.
A chave da questão então fica apenas em uma coisa que foi o que o AlexBr mencionou: instalar aplicativos apenas de fontes confiáveis
Quer dizer, o mais importante não é conhecer o programa, mas de onde ele vem.
Com a facilidade de se instalar um .deb hoje em dia com apenas dois cliques as pessoas muitas vezes saem instalando e usando a senha de root sem pensar duas vezes. Naturalmente isso é mais comum em usuários recém-chegados do windows que estão habituados a procurar os programas na internet e muitas vezes instalam dessa forma mesmo programas que estão nos repositórios oficiais, trocando assim uma fonte confiável por uma não confiável sem motivo algum.
Por outro lado, também vejo muito na internet tutoriais dizendo: "acrescente esse repositório na sua source.list e depois adicione a chave para o apt com o seguinte comando...".
, as chaves do apt são usadas justamente para garantir a legitimidade de um repositório, para que você possa confiar e instalar programas pelo apt com a "consciência tranqüila" (não apenas em evitar quebrar o seu sistema por causa de versões incompatíveis, mas também em não instalar programas maliciosos). Quando você acrescenta um repositório na sua source.list e ainda por cima acrescenta a chave para esse repositório você está dizendo para o apt que confia cegamente no conteúdo desse repositório. Você confia mesmo?
As permissões no Linux são de fato um fator que o torna mais seguro que o windows, mas um outro importante fator é que quem usa Linux não precisa ficar indo atrás de programas piratas, cracks e seriais só porque o preço do programa X ou Y é absurdamente alto e não há outra opção. Temos praticamente tudo que precisamos de maneira legal. Então junto com essa facilidade de instalação é preciso haver uma concientização de que não precisamos correr riscos desnecessários instalando pacotes baixados de "becos escuros" na internet. Essa concientização é mais importante agora do que antes justamente porque as facilidades cada vez maiores atraem usuários menos experientes para o Linux (não estou dizendo que isso é ruim, claro que é bom, só que precisa vir acompanhado com informação).