Cara, Eclipse é o melhor IDE pra java que existe além disso já está disponivel pra baixar direto pelo Ubuntu em adicionar/remover programas em programação.
Quem elegeu o Eclipse como melhor??? hehehe
É bom fazer teste nos dois e ver qual adequa à necessidade. No meu caso eu fiquei meio chateado de ter que ficar instalando plugins toda hora no caso do eclipse. No NetBeans eu já instalo a IDE praticamente pronta pra usar. E vale testar o milestone 9 da versão do NetBeans... tá show. Muita gente que curte Eclipse tá avaliando os novos recursos do NetBeans devido o ritmo das mudanças feitas, os kras estão trabalhando pacas. Sem dúvida o Eclipse é uma excelente ferramenta, mas vale olhar outras ferramentas e claro que existem outras além do NetBeans e Eclipse também.
Mas essa guerra de desenvolvimento da "melhor" ferramenta só beneficia a nós mesmos, eu estou muito satisfeito com o NetBeans... mas já usei muito o Eclipse.
Sucesso a todos!!!