Olá Efraim, não tenho problemas de som com a GA945GM-S2. Você está usando o Ubuntu 7.04, certo?
Estou supondo que você está utilizando o Ubuntu 7.04...
O que eu faço é o seguinte, deixo de usar o volume "Front" para regular o volume geral e passo para o "PCM". Assim:
Clique com o botão direito sobre o ícone do falante, lá em preferências escolha o "PCM" para regular o volume geral. Depois clique duas vezes no ícone do falante e verifique se você está usando o Driver ALSA, se não me engano ele vai mostrar que usa uma placa Realtek. Eu uso o Driver ALSA, você pode optar ainda pelo OSS. Depois coloco o volume do "Front" no máximo, e fico regulando o volume geral pelo PCM normalmente.
Note que em algumas aplicações, a alteração do volume dentro desta aplicação implicará na alteração do volume de todo o sistema. Esse é o lado ruim de usar o PCM para regular o volume geral.
No mais é como o colega falou, verificar as conexões das caixas de som. O som está melhor na versão 7.10, graças ao novo driver ALSA na versão 7.10.
Era isso. Tenta aí e depois fala pra gente o que virou!