Pesquisou no google sobre o assunto, eu o fiz e olha so:
http://appdb.winehq.org/appview.php?iAppId=2586veja nas screen-shots, funciona no wine sim, so instalar normal.
Agora se você ja instalou e o programa não funcionou é porque não se trata do .net e sim do programa que ainda não pode ser emulado pelo wine.
Edit: Opa opa.. vi melhor nos comentários e realmente não funciona...
a instalação da certo, mas não pega