Olha só pinduvoz, eu dei umas pesquisadas aqui no google, e não encontrei nada relevante sobre deixar habilitado o teste do fsck das partições windows no fstab. Sobre serem elas que dão problema eu presumi que fossem, já que quando habilitei a escrita nestas partições meu problema diminuiu (diminuiu porque as vezes voltou a fazer).
Mas fui prestando atenção e em todos os fstab que vi com uma linha com partição windows e todas elas tinham um 0 (zero) lá, ou seja, estava desabilitado a verificação com o fsck, e seguindo você já fiz as alterações aqui também.
[]'s
Cristiano.