Isso não é problema, isso é algo normal que ocorre.
Por você estar programando no windows e ele não ter algo que "segure" a janela, escreva no fim do seu programa:
system("pause");
que ele vai aparecer "Pressine enter..." e você poderá ver o resultado do seu programa.
Outro modo de se fazer isso é colocando algo para se ler do teclado, ai ele fica aberto enquanto você nao digita nada...por exemplo, um enter.
No Linux isso 'não ocorre' porque o terminal já fica aberto normalmente, ai você consegue visualizar o que você fez.
Abraços e boa aprendizagem ai