Não entendi. Pelo que eu saiba o root tem permissão para tudo. As permissões servem para o dono, o grupo, e o "outros". Root tem permissão para tudo e não dá para tirar isso dele, senão não seria root. ![Língua :P](https://ubuntuforum-br.org/Smileys/default/tongue.gif)
Não é bem assim. Salve um arquivo com permissão 666 e tente executá-lo como root assim:
./scriptAs permissões são importantes, para qualquer arquivo, e até mesmo para o root as vezes.