Estou usando o skype pra linux baixado de
http://download.skype.com/linux/repos/debian/Isso aconteceu comigo após instalar uns plugins de som, entrei no skype->options->sound e configurei manualmente escolhendo qual plugin usar para entrada e saida de sons...
Pra testar usa o contato echo do proprio skype ele emula uma chamada e pede para vc gravar um audio.
Se não der certo entra em Sistema->preferencias->Som e configura lá usa o Gravador de som para testar Aplicações->Som & Video->Gravador de Som.
Tente tbm clicar duas vezes sobre o icone do auto-falante ao lado do relogio e vá em Arquivo->Alterar dispositivo e mude
