Como seu disco está particionado? Acredito que você tenha criado partições em exagero e desnecessárias.
Execute num terminal o seguinte comando
df -h
e coloque o resultado aqui, aí fica mais fácil receber ajuda.
Não há um tamanho ideal para pastas, isto depende do seu espaço disponível e do uso que faz da máquina.
E não é necessário criar pastas para cada uma das sugestões que vem no instalador.
Eu recomendo para o usuário médio apenas 4 pastas
/boot entre 128MB e 256MB
/swap 512MB ou 1GB é suficiente
/ iniciando em 10GB, depende do tamanho do seu HD e da quantidade de coisas que vai instalar nele
/home o restante do espaço do disco