Não tenho problemas com o Flash e nem Java no Firefox, após a atualização pro 3.0.1 tudo se corrigiu, agora estou a usar o 3.0.3 e está tudo ótimo!
A instalação do Plugin do Flash é independênte do navegador, por questões de licença eles não vem com tal plugin, mais você pode instala-lo normalmente no Synaptic.
Outros navegadores que recomendo são: Opera, Epiphany, Flock. (os dois últimos descendentes do Firefox).