ubunto_ba, sim, terá que fazer Backup de tudo que quiser salvar (Aquivos de configuração, fotos, vídeos, imagens em geral, músicas etc), pois se for instalar o Ubuntu nesta mesma partição, ela será formatada. Se instalar o Ubuntu em uma partição separada, ai não precisa. Pois será duas instalações distintas. Mas recomendo ficar somente com o Ubuntu para minimizar dores de cabeça, ao menos até você pegar o "jeito do Ubuntu" hehe
Dica: Crie uma pasta chamada "Minhas coisas" ou "Meus Backups e coloque-a-data-aqui" por exemplo, ou algo do tipo, e vai colocando tudo que você quiser salvar, depois é só gravar em um CD/DVD por exemplo, ou apenas colocar em um dispositivo removível como Pen Drives, Celulares com cartões SD, HDs externos etc, depois, seja qual for o método de Backup, quando você instalar o Ubuntu, é só copiar tudo para a sua nova instalação.