O DEVEDE faz isso que vc quer com as legendas sim. E Acrescento que ele não é similar ao ConverXtoDVD, ele é melhor! A única coisa que eu ainda não fiz com ele foi mudar a cor das legendas, mas acho que isso é um detalhe que será resolvido em alguma próxima versão.
Ele usa o MENCODER como motor para fazer as conversões, o que significa que qualquer vídeo que abra no mplayer pode ser convertido nele. Aqui eu tenho o w64codec instalado e abro converto inclusive RMVB com o DEVEDE.
O Ponto forte dele, pra mim, é o suporte a núcleos múltiplos. Nunca vi um programa pra windows que faz isso. Aqui eu crio os dvd's a 1.5x/1.7x.