Eu uso o remastersys, criei uma distro customizada com ele só que usei o LinuxMint, troquei tudo desde o grub, usplash, temas, fonts, updates, kernel+novo etc.
Mas voltando ao seu problema, vc quer fazer o backup só do sistema ou tbm do seu home ?
Dependendo do tamanho da imagem o remastersys vai dar erro, e não vai criar a ISO.
Se for usar um DVD para o backup normal (sem remastersys) do seu home com certeza não tera problemas.Só não esqueça de quando voltar a copia manter as permissões do usuario.
Agora se for fazer uma copia do sistema inteiro aí e mais complicado, talvez usando o comando dd, faz tempo que não mexo com isso.
Pelo Remastersys é mais fácil.